Der Ort Gräfendorf und die umliegenden Ortsteile sind heute vom katholischen Glauben geprägt. Die evangelischen Christen sind eine kleine Minderheit. Doch die Geschichte der evangelisch-lutherischen Kirchengemeinde Gräfendorf reicht zurück bis in die Reformationszeit.
Reformation und Gegenreformation
In der Zeit der Reformation sind die Orte Wolfsmünster und Gräfendorf schon früh evangelisch geworden. Sie gehörten damals zum Besitz der Herren von Thüngen. Diese führten auf ihrem Gebiet die Reformation durch. So setzen sie im Jahr 1550 in Gräfendorf einen evangelischen Pfarrer ein. Im Jahr 1564 fand dann in Gräfendorf eine wichtige Synode statt, in der eine Kirchenordnung für die zur Thüngenschen Cent gehörigen Pfarreien beschlossen wurde.
Die Rekatholisierung erfolgte über 100 Jahre später. Das Juliusspital Würzburg wurde neuer Lehensherr von Gräfendorf, deshalb musste der evangelische Pfarrer weichen. Ab dem Jahr 1677 wurden durch den Kaplan von Wolfsmünsster wieder katholische Gottesdienste gehalten.
Allen Widrigkeiten zum Trotz
Trotz der Gegenreformation blieben viele Menschen dem evangelischen Glauben treu. Als dann ein Teil des Ortes wieder in den Besitz der Herren von Thüngen kam, wurde diese Einstellung noch gestärkt. Die Bitten der Evangelischen, an den Osterfeiertagen die Gottesdienste im nahen Dittlofsroda besuchen zu dürfen, fanden jedoch kein Gehör.
Im Jahr 1808 wurde ein Simultaneum an der Gräfendorfer Kirche errichtet. Simultaneum bedeutet, dass eine Kirche von evangelischen wie katholischen Christen benutzt werden darf. So wurde den Evangelischen gestattet, in der Gräfendorfer Kirche evangelische Gottesdienste zu halten. Doch es gab Streit, und das Simultaneum wurde beendet. Die Evangelischen von Gräfendorf wurden nun der Pfarrei in Dittlofsroda zugeordnet und konnten vom Pfarrer in Dittlofsroda betreut werden. Der durfte regelmäßig Gottesdienste in einem Gasthaussaal und später in der Schule halten.
Dittlofsroda, Waizenbach, Gemünden
Ab dem Jahr 1920 wurden die Evangelischen Gräfendorfs von der Pfarrei Waizenbach aus betreut.
Als nach dem Zweiten Weltkrieg viele Heimatvertriebene nach Gräfendorf kamen, stieg die Zahl der Evangelischen deutlich. Der Raum in der Kirche wurde für die Evangelischen zu klein. Deshalb wurde der Bau einer Kirche ins Auge gefasst. Am 12. Oktober 1952 wurde die Michaelskirche feierlich eingeweiht.
Als die Pfarrei Waizenbach keinen eigenen Pfarrer mehr hatte, wurde im Jahr 1973 die Kirchengemeinde Gräfendorf der Pfarrei Gemünden am Main angeschlossen und wird seitdem von den Pfarrern von Gemünden betreut.